La responsabilité des producteurs est d'une importance capitale. Les autocontrôles ainsi que l'obligation correspondante d'établir une documentation et de consigner constituent la base du contrôle de la qualité à tous les stades de la production. Les producteurs disposent de systèmes de gestion de la qualité spécifiquement adaptés à leur établissement pour la conduite du processus. Ces systèmes intègrent une méthode HACCP (cf. encadré à droite) destinée à mettre en évidence les points critiques du processus.

Les grandes entreprises du secteur alimentaire utilisent le plus souvent des systèmes de gestion valables dans le monde entier, qui déterminent les processus et les mécanismes de contrôle. Les établissements de petite et de moyenne taille s'appuient sur des guides spécifiques à la branche qui décrivent ces mêmes mécanismes étape par étape.